La bande d'animaux est de retour. Alex, Marty, Gloria et Melman partent avec le commandot de pingouins, et le roi Julian et ses 2 fidèles prennent un avion (qui s'était crashé dans lîle de Madagascar réparé par les pingouins) qui va s'envoler pour New York. Mais l'avion fait un crash en plein centre de l'Afrique. Alex va revoir ses parents mais à cause d'un rîte d'initiation Alex se fait virer de sa tribu. Comment arriveront-ils à partir du centre de l'Afrique pour retourner à New York ?
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