Le film commmence par la fin de Madagascar 2, (les pingouins qui partent à Monte Carlo) . Quelques jours ont passé et les pinguoins ne sont toujours pas revenus et c'est l'anniversaire d'Alex. Alex décide d'aller chercher les pingouins et d'utiliser l'avion qu'ils ont utilisé dans Madagascar 2. Mais la police arrivent et nos amis s'embarquent dans un cirque. Grâce à l'argent qu'ils ont gagné en jouant au poker ils achètent le cirque et grâce au cirque, si ils sont bons, ils pourraient partir à New York mais ce cirque leurs réserve bien des surprises.
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